Theo đó, doanh nghiệp có thể chuyển sang hưởng ưu đãi khác nếu đáp ứng các điều kiện ưu đãi khác về thuế TNDN như sản xuất trong khu công nghiệp, khu chế xuất, dự án ở địa bàn khó khăn, dự án sử dụng nhiều lao động... Ưu đãi này sẽ được hưởng cho khoảng thời gian ưu đãi còn lại.
Bộ Tài chính cho phép doanh nghiệp chọn 1 trong 2 phương án áp dụng ưu đãi mới và thông báo cho cơ quan thuế biết để bắt đầu áp dụng.
Phương án 1 là tiếp tục hưởng ưu đãi thuế TNDN tương ứng với các điều kiện đáp ứng cho thời gian ưu đãi còn lại theo quy định tại thời điểm được cấp giấy phép thành lập.
Phương án 2 là tiếp tục hưởng ưu đãi thuế TNDN tương ứng với các điều kiện đáp ứng theo quy định tại thời điểm điều chỉnh do cam kết gia nhập WTO cho thời gian ưu đãi còn lại.
Đối với các doanh nghiệp (trừ doanh nghiệp dệt may) đang hưởng ưu đãi thuế nhờ tỷ lệ xuất khẩu thì vẫn bảo lưu ưu đãi này đến hết năm 2011. Từ năm 2012, doanh nghiệp không còn được hưởng ưu đãi này nữa và chuyển sang hưởng ưu đãi khác theo 1 trong 2 phương án nêu trên.